基因工程小鼠的命名规则
有没有发明,当你在盘问或看paper时,往往会蹦出几个贼长的,还夹杂着数字、上标、符号的名称,好比:129-Trp53tm1Holl/J、FVB-Tg(PomcCre)5Brn...... 看上去很重大的样子。这些着实是基因工程小鼠的全名。
若是把这一长串字符解构一下,常见的基因工程小鼠可以分为两种命名方法:
基因定点修饰小鼠的命名
这一类小鼠的名称基本长这样:
下面我们对这些组成部分逐一说明~
品系配景
若是是在简单的小鼠配景上完成的基因修饰,并且在繁育历程中未引入其它品系,那么就可以以品系全称来体现。好比:
若是是在混淆品系配景上,那么可以用这几个品系(<3个)缩写,并以分号作为距离。分号前体现受体,分号后体现供体。好比:在一个来自C57BL/6与129杂交 ES 细胞系上定点敲除某个基因,就可以用B6;129体现。直至这个品系与 C57BL/6 小鼠回交至近交系水平,那么可以改写为B6.129。
若是供体品系是混淆配景或有未知泉源,那么回交至受体品系的近交系水平后,可以用.Cg来体现,好比:B6.Cg。
若是保存3个以上祖系或有未知泉源的混淆遗传配景,那么以STOCK来体现。
被修饰的基因
这里的基因名用的是 Gene Symbol。Gene Symbol 和 Gene Name 究竟有什么区别呢?
Gene Symbol 有以下特点:
Gene Name 则一样平常有以下特点:
简短,可以是几个单词,包括基因功效或特点
首字母小写(人名或专著名词除外)
使用美式拼写要领
举个例子你就明确啦,例如:
Shh 是 Gene Symbol,而 sonic hedgehog 则是它的 Gene Name。
以是,若是你想查找某个基因的敲除品系,那么最好输入 Gene Symbol,而不是 Gene Name 或者曾用名。
这里特殊提一下定点过表达的这类情形:
现在最常用的两个定点过表达的整合位点,一个 Rosa26位点,一个是 H11位点。
修饰方法(上标)
tm:关于 ES 细胞打靶途径获得品系,用 tm 体现 targeted mutation。
em :关于 CRISPR/Cas9 或 TALEN 等核酸酶系统介导的基因修饰品系,用 em 体现 endonuclease-mediated mutation。
编号(上标)
这里的编号是指在该实验室中,对该基因修饰的序列号。
例如:Trp53tm1Holl体现在Holl实验室对Trp53基因举行的第一次突变。
有时间会看到 tm1.1、tm1.2的情形,这是指条件性基因敲除(CKO)小鼠在与生殖系重组酶工具鼠交配后获得的子代小鼠品系,为了与亲代 CKO 小鼠(编号为 tm1)区分。而亲代 CKO 小鼠与其它组织特异性重组酶工具鼠交配的子代就不但独命名了。
插入结构(上标)
关于基因敲除和条件性基因敲除,在命名中一样平常不加入插入结构的部分,即编号后紧跟实验室代号。
例如:Trp53tm1Holl。
若是有敲入的基因,可以在括号内写出插入的外源基因。
例如:Cd19tm1(cre)Labcode体现在 Cd19基因中敲入 Cre基因。
若是敲入的是 RNAi,那么把RNAi针对的靶点写进括号中。
例如: Genetm#(RNAi:Il23a)Labcode 。
实验室代号(上标)
一样平常实验室代号是机构名称的首字母缩写。
好比:
J 体现 The Jackson Laboratory;
Kyo 代表 Kyoto University ;
Smoc 代表上海南方模式生物;等等。
随机转基因小鼠的命名
这一类小鼠的名称基本长这样,命名中Tg代表 Transgene。
转入基因
在括号中填入转入的基因的启动子信息以及 Gene Symbol。
编号
指该实验室制备的转基因 founder 编号或系列编号。
若是使用转座子系统来制备转基因小鼠的话,那么命名时在 Tg 后面加上 Tn,体现 transposable element。随后的括号内,一样平常需要包括:所使用的转座子系统缩写,以及构建的载体结构,两者用“-”链接:TgTn(transposon_class_abbreviation-vector)#Labcode。
例如:B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/JtakRbrc,其中 sb 是 sleeping beauty的缩写。
知道了基因工程小鼠的命名规则,你可能又要问了,名字这么长总不可每次都写全名吧?确实,通常在文章中对所用的基因工程小鼠举行表述时,我们可以接纳简写的方法。详细可以怎么写呢?
基因工程小鼠的一样平常简写方法
基因敲除
各人很熟悉了,可以划分用加、减号上标来体现 wildtype allele 与 mutant allele:
基因敲入
将敲入的元件写在上标里,例如:
转基因
一样平常直接写出表达的基因结构,例如:
条件性基因敲除
将 flox 作为上标体现,好比:
若是与普遍表达 Cre 或生殖系表达 Cre 工具鼠交配后获得了全身敲除的小鼠,那么可以按 KO 小鼠的规则来简写。
若是与组织特异性 Cre 小鼠交配,那么可以组合写成:Geneflox/flox;Cre。
若是文章中只用到一种组织特异性 Cre 工具鼠,也可以按 KO 的方法简写,即 Gene-/- 可以体现 flox 纯合子且 Cre 阳性小鼠。
若是有多种差别的 Cre,那么就需要划分体现了。
例如:Tlr5 flox 小鼠划分与小肠上皮细胞(IEC)特异性 Cre(Vil-Cre)、 DC 细胞特异性 Cre(CD11c-Cre)交配的子代中爆发基因敲除的纯合子小鼠可以划分体现为 Tlr5flox/flox;Vil-Cre 和 Tlr5flox/flox;CD11c-Cre。若是以为这样写太贫困,也可以这样体现:Tlr5ΔIEC 和 Tlr5ΔDC。